Pues he probado reducirle los fps, cambiarle el formato a avi o mpg. incluso codificar el archivo a wmv por separado y luego juntarlo con el clip de video pero sigue ocurriendo lo mismo. Estoy intentando codificar el video a medias, es decir, una parte con el video que ya estaba y el que le he metido y una parte por otro lado y parece que aun así tampoco funciona.
No se que probar más, la próxima vez no trabajaré con wmvs, de todas formas gracias por su ayuda