Citarlo mas compatible hoy en dia supongo que seria h264 o debería optar por h265?Sí; ya te lo indico más arriba. Yo lo haría -y lo hago- en h264 (o x264) por cuestiones de compatibilidad.
CitarY si sabéis algún programa para comprimir por lotes también seria un ahorro de tiempoSi, como veo, andas ducho con VirtualDub, éste hace todo lo que necesitas como los procesos por lotes; aunque si tienes el normal no podrás exportar a x264. Si lo necesitas, yo tengo uno "tuneado" que sí puede exportar a x264 en contenedor .avi que funciona en todos los sitios. Si lo necesitas, pídemelo.
X.