Eso es muy normal si el final del primer no está recortado por el final. Vegas hará un loop justo donde termina el clip empezando por el principio con la duración de la transición, y eso es justamente lo que observas. Este loop se puede desactivar en Preferencias o con clic derecho sobre el evento, pero Vegas lo sustituirá por una imagen estática del último fotograma, que supongo tampoco te gustará.
Formas de evitarlo:
Recortar el final del primer clip y aplicar la transición.
Hacer manualmente un fundido cruzado desplazando el segundo clip sobre el primero. Haciendo un pequeño zoom si no lo ves, se observará una X que indica la transición cruzada. Sobre esta X aplicar otra transición.
X.
Formas de evitarlo:
Recortar el final del primer clip y aplicar la transición.
Hacer manualmente un fundido cruzado desplazando el segundo clip sobre el primero. Haciendo un pequeño zoom si no lo ves, se observará una X que indica la transición cruzada. Sobre esta X aplicar otra transición.
X.