Creo que tus problemas son de entrelazado, y ese problema es externo a DVDMaestro, ya que el entrelazado se origina durante la captura y codificación MPEG. No es que sea un "problema", sino que simplemente lo has configurado mal. Puedes leer más aquí:
https://videoedicion.org//manuales/guia_rapida.htm
https://videoedicion.org//manuales/guia_rapida.htm