Buenas. Mi problema es que al convertir un capítulo de una serie de formato avi a mpeg con el imtoo mpeg encoder me cambia el idioma del audio. Es decir, mientras que en avi lo oia todo en castellano, en mpeg lo oigo en inglés (idioma original de la serie). Os agradecería mucho que me ayudárais con este problema.

No conozco el imtoo mpeg encoder , pero puedes probar a quitar los audios que no quieras con VirtualDubMod, antes de comprimirlo a MPEG.
Saludos.

¿Y eso cómo lo hago?

Esto es un ejemplo para quitar un audio, pero puede poner disables todas las pistas que necesites

http://www.videoedicion.org/descargas/manuales/edicion.video/VirtualDub/nij/mini/vdm_eaudio.swf

Muchisimas gracias!!