Hola

Hay algun programa en el que se puedan convertir varios videos por lotes para linux?

Gracias de antemano

Compañero, te recomiendo que para ello hagas un bash (procesamiento por lotes en modo texto) utilizando para la conversion el ffmpeg. En esta direccion
encuentras un manual muy facil de utilizar de esta programa.

http://www.guia-ubuntu.org/index.php?title=Ffmpeg