Ok, me parece que a mi me pasó algo parecido pero a la hora de cargar otro tipo de archivos. Técnicamente si usamos y damos prioridad al directshow filter no es necesario tener activo el AVI file reader.
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Cita de: "Zeros"
En el TMPGEnc dale prioridad al "DirectShow multimedia file reader"
Option => Environmental Setting => VFAPI plug-in

Cita de: "Zeros"
En el VirtualdubMod:
-En STREAMS -> STREAM LIST selecciona la cadena de audio correspondiente con el botón derecho del ratón, selecciona Full Processing Mode y después Compression (aqui eliges la codificación que quieras)
-Luego en VIDEO pones Direct Stream Copy y guardas el AVI
CitarCon respecto a la calidad y tamaño de captura, se recomienda siempre capturar con la menor compresión posible durante la captura y recomprimir luego en tiempo no-real. Es decir. Si comprimimos "al vuelo" el ordenador tiene 0.04 segudos para comprimir cada cuadro que le llega (en el caso de vídeo PAL; 0,0334 en el caso de NTSC) Evidentemente lo mejor es capturar lo más fielmente posible al original y comprimir luego en tiempo no-real. De ese modo obtendremos la mejor calidad posible. Eso tiene dos desventajas. Por un lado vamos a necesitar mucho espacio en el disco duro y la compresión final será lenta. Por mucho espacio se entienden unos 30 GB por hora de vídeo capturado en el caso de usar el modo YUY2 de las sintonizadoras de TV y unos 15 GB por cada hora de vídeo capturado en el caso de tarjetas capturadoras con codec MJPEG configurado a la máxima calidad. Por mucho tiempo de compresión se puede entender unas 4 horas por cada hora de vídeo AVI original en el caso de usar compresores como TMGPEnc o Canopus Pro Coder (algo menos con Cinema Craft Encoder) El tiempo de compresión varía MUY NOTABLEMENTE dependiendo del procesador usado.