1.- Lo que necesitas es un programa de Autoría de DVD. Para hacer tus pinitos, aquí puedes descargarte una versión de prueba de TMPGEnc DVD Author con el que podrás iniciarte en este noble arte, y lo hace todo de un golpe. Las características del mismo las podrás probar por tí mismo.
2.- ¿cambiar el FourCC para qué, exactamente?
3.- No hace falta. He vivido unos años sin quitarle a nadie ni a nada el Packed Bitstream y cada día me van las cosas mejor.

Suerte, prueba y me cuentas.