Tengo una duda ¿Porque cuando edito en Premier sale como gris el fondo (con y sin color mate negro) y con cuadritos (como si estuviese pixeleado una parte)? pero cuando edito el mismo video en after sale bien sin cuadritos y con el color negro, inclusive con los colores originales.

Bienvenido sUPER S.
Deberías poner capturas de Premiere y de After para comparar.
Otra cosa: ¿El vídeo tiene canal alfa?.

Saludos.

Hola sUPER S,

Prueba a realizar la comparación con el mismo reproductor de video, prueba con VLC, que lo permite.

Saludos