Como puedo organizar los plugins?, por ejemplo, tengo los trapcode en su carpeta pero en el after, los plugins de trapcode me los mete en varios...

Algo cortado el comentario, pero te entiendo, también era una mania que yo tenía, hasta que me dije, si yo lo tengo que usar no acomodar, desde ese momento no le di importancia, Trapcode esta en 2 lugares, en After, en la carpeta plugins

G:\Program Files\Adobe\Adobe After Effects CS5.5\Support Files\Plug-ins\Trapcode

y en Common:

G:\Program Files\Adobe\Common\Plug-ins\CS5.5\MediaCore\Trapcode

Si queres podes crear una carpeta con tu nombre y colocar dentro de ella los efectos que tu instalas.