¡Saludos! Estoy un poco mareada con este problemilla que tengo, así que no sé si me explicaré bien. Antes de nada, he leído unos cuantos manuales, he buscado en varios foros, y cada vez me mareo más. 
Gracias de antemano.

Abrelo con VirtualdubMOD y extrae el AC3 con la opción DEMUX. Después desactiva las cadenas de audio usando la opción DISABLE y guarda el Video con el modo "Direct Stream Copy".

Ahora tendrás audio y video separado, por lo que simplmente tienes que comprimir el Video por un lado, y añadir el AC3 por otro.

Aún a malas, si no te carga el AC3 (no recuerdo si TMPGEnc cargaba AC3) puedes introducirlo en la Autoria del DVD, simplemente cuando cargas el video M2V le indicas que el audio es el AC3 que tienes generado.

Gracias por tu respuesta, lo he probado y me ha salido bien. Pero al final me estaba complicando yo la vida demasiado. No sé porque estaba empeñada en transformarlo a mpg. Con el virtualdubmod puedo pasar el archivo ogm a avi, quitando las pistas de audio que no me interesan (dejando solo la de español en ac3). Y teniendo el archivo avi ya puedo utilizar mi programa de autoría de DVD (nerovision) para grabar el dvd puesto que lo acepta sin problemas. Escribo esto por si a alguien le sirve para algo. Por lo menos para no comerse el tarro tanto como yo.
¡Saludos!

NOTA: Supongo que con el paso intermedio a AVI se perderá calidad pero en este caso no me importa. Tengo que pasar muchos capítulos y me resulta más cómodo que tener que extraer el audio y luego indicarle al nerovision que lo añada.

Con el virtualdubMOD al guardar en un fichero AVI con la opción Video -> Direct Stream Copy marcada, no se pierde nada de calidad. Simplemente lo que haces es convertir un archivo OGM en uno AVI sin tocar para nada la calidad del video.

NOTA: Para los OGM que tienen el audio OGG hay que convertir dicho audio en PCM o mp3, ya que un fichero AVI no soporta cadenas de audio en formato ogg.

Si no pierde calidad mejor para mi 

Me refiero a que un fichero AVI no puede tener el audio en formato OGG, es incompatible por cuestiones de índole técnica.