Por tener necesidad de sincronizar o mejor dicho resincronizar los subtitulo de un vídeo, me encontré con el programa Jubler que ademas de ser muy sencillo de manejar es gratuito y esta en español. Os lo recomiendo, naturalmente permite también la creación de forma muy sencilla de subtitulos en cualquier formato:
http://www.jubler.org/download.html
Un saludo.