Quisiera saber en que lenguaje de programación me conviene realizar
un programa para unir videos en formato mpeg?

Ya se que existen muchos joiners pero necesito desarrollarlo.

Así como si existen algunas herramientas de programación que me lo faciliten

Pues lo siento pero no tengo ni idea, supongo que usarán C++ y las DirectX de Microsoft.

Si te sirve de ayuda te puedes mirar el programa Virtualdub, que puedes mirar su código fuente ya que es software libre.
www.virtualdub.org