No se si es posible o mejor dicho no se si es posible de forma sencilla lo que voy a consultar:

¿es posible elminar el fondo de un GIF animado? me refiero a esos dibujitos que en ocasiones tienen un color de fondo que impide que se integre de forma transparente en la composición que estamos creando.
Gracias

si es de un solo color el fondo, aplicarle el Chroma key... o depende donde lo vas a utilizar... saludos y exitos.

lo que yo suelo hacer es abrir photoshop>importar cuadros de video a capas> cuando te salga el cuadro donde elejir el archivo debes poner en el recuadro de arriba esto:
(*.*) sin parentesis
asi te reconocera los gif animados y ya puedes importarlos.
ya despues puedes ir eliminando el fondo a cada imagen  y una vez terminado puedes pasarlo a .avi o a cualquier otro formato incluso ya con canal alpha.

esta es una muestra de que si es posible:
es un gif animado que originalmente el osito tenia un fondo rosa con corazones subiendo y bajando ya despues con vegas le coloque el fondo y el cupido.