Cuando TMPGEnc dice eso te da la opción Ignore para que pases por alto el problema (aunque te advierte que puede no ser 100% compatible). Yo tengo muchos DVD's hechos con una secuencia GOP de 18 y mi DVD los lee perfectamente. Aunque, desde que salió la versión nueva del programa que lo advierte (antes no lo hacía), mis nuevos vídeos los hago con una secuencia GOP de 15, que es en realidad el estándar del DVD. Prueba a ver si se ve en el DVD con tu secuencia GOP ampliada.