Hola, quizás el problema sea de la configuración del programa, ya que el vinilo es analógico y por lo cual el programa lo que hace es capturar el sonido.
Supongo que podrás elegir la calidad con la que quieres que el programa capture el sonido, míralo en las opciones del programa.

Quizás sea problema de la codificación del mp3, del bitrate o de los Hz, los mp3's con por ejemplo 48000Hz no son muy amigos con el reproductor de windows y tampoco con algunas tarjetas de sonido, el standard es 44100Hz.

Suerte.