A mi me pasa algo muy parecido.
Tengo mi proyecto de premiere y al importarlo a AE todos los clips que he modificado en premiere (cortinillas o cambio de velocidad) me desaparecen en AE.
Es curioso porque esto solo me sucede en los capturados en HDV formato mpeg, ya que los de mi otra camara en DV los importa sin ningun problema aunque esten tratados en premiere.
Puede ser por algun tema de codecs?
Biol en que formato te sucede esto?

Un saludo.