Depende de si tu ordenador tiene potencia suficiente para manejar el H.264 en tiempo real. Lo mejor es que pruebes con unos trozos de video, si ves que tira bien, usa el nativo, si no, pásalo a prores... Así de facil. Por calidad no te preocupes, el prores mantendrá la calidad sin problemas, solo que te van a ocupar 3 veces más de tamaño los archivos, tenlo en cuenta por si estas corto de espacio, ah, y un disco duro para video rápido si lo pasas a prores.