Lo único que se me ocurre es que extraigas las pistas y recodifiques el audio con alguna herramienta.

¿Has probado con tsremux?
http://www.m2ts.org/util/tsremux

Tal vez separando audio y video, o deshabilitando una pista de audio, te funcione. Puedes probar a hacerlo con estas herramientas
http://www.videohelp.com/tools/MKVtoolnix

Y sobre el multiavchd, poco te puedo decir, he encontrado esto en Google
http://multiavchd.deanbg.com/tutorial.php

Igual este programa te sirve
http://www.videohelp.com/tools/multiAVCHD

¿Problema al exportar o al importar?

Un Parallels con Windows para tratar los .wmv y ¡adiós a las manchas!... digo a los problemas.

Yo soy antigo usuario de Premiete, me muevo en el ámbito multimedia y para mi Vegas es un todo terreno. Su curva de aprendizaje es muy asequible y te permite trabajar con multitud de formatos sin necesidad de recodificarlos a otro intermedio.

Una tontería que para mi es imprescindible es poder cambiar las características del proyecto al vuelo, cosa que Premiere no deja hacer. Edius por ejemplo tiene la ventaja de la aceleración hardware en tiempo real, y hay gente en este foro que lo utiliza de forma profesional con buenos resultados, pero para mi esa característica no es imprescindible.

En definitiva "mejores" o "peores"..., todo es relativo. Simplemente se manejan distinto y eso hay que añadirle que los hábitos cuesta cambiarlos. Al final la limitación que tendremos es la de uno mismo, pero precisamente con Vegas la gracia está que que se puede aprender fácilmente. Eso si, hay que hacer de tripas corazón y empezar con la lectura de los diferentes tutoriales, ya que no vamos a saber manejar completamente el programa por ciencia infusa. Es bueno, incluso aunque tengamos experiencia en el sector, que leamos y miremos tutoriales en internet.

Busca vídeos en vimeo, suben muchos vídeos de las cáramas réflex

Si vas a trabajar en panorámico (16:9) debes de grabar en HDV, luego en la edición ya exportarás a DV o HDV según te convenga. Si necesitas grabar en 4:3,  entonces puedes plantearte usar DV

En relación a la velocidad de cuadros por segundo y el modo progresivo o entrelazado, siempre has de mantener el formato orginal de la cámara para obtener los mejores resultados. Es decir, en el caso de HDV y DV siempre mantener el entrelazado


PD: Hay algunas cámaras que pueden grabar estos formatos en Progresivo, si el vídeo estuviera grabado de ese modo tendrías que mantener esas características (es decir el progresivo)

La gente utiliza la Black Magic Intensity Pro que ronda los 200€. Tiene entradas analógicas BNC/RCA y digital por HDMI. Se puede instalar en un PC o en un MacPro.

Necesitas un PC, el hecho de que sea más o menos potente hará que tarde más o menos en recodificarlo. Eso dependerá del procesador mayormente.

Yo no compraria una SD porque es ya cosa del pasado. Ahora bién, una cosa es ver tus grabaciones y otra editarlas. Siempre vas a poder verlas porque la cámara las va a reproducir, pero en el caso de querer editarlas ese Compaq se queda corto.

Ten en cuenta que si quieres juguetear con tus grabaciones HD, siempre puedes recodificarlas a un formato o tamaño más manejable o a SD.

Además, las cámaras nuevas llevan también conexión HDMI que se puede conectar a casi cualquier TV Plano para ver lo que reproduce la cámara.

Las videocámaras traen un cable para conectar a cualquier TV, suele ser de color amarillo el conector. Aquí te dejo un ejemplo

A la hora de exportar. La opción se suele llamar "deinterlace"

Eso es el entrelazado, si lo subes a youtube tienes que desentrelazar el vídeo.

1080i -> interlaced (entrelazado)
1080p -> progressive (progresivo)