Este es gratis y es muy bueno , tiene configuraciones basicas y para trabajar con cualquier premiere te recomiendo el quicktime.
lo podes descargar de aca http://winff.org/html_new/downloads.html
un cordial saludo

Es por como esta configurado el codec de exportación.
o puede ser también por la potencia de tu ordenador , porque no lo exportas en trozos de tres minutos y después los unis?
Si es un proyecto con transiciones y correcciones , es menos trabajo unir que renderizar todo.
un cordial saludo