He intentado poner la máxima información que se me ha ocurrido, no se qué necesitáis para diagnosticar un problema, se agradece algo de amabilidad ._.
Version de After: C6
Tipo de audio: AAC 48kHz
Memoria ram disponible: mucha, tengo 8 gigas
De donde salio el archivo: es un gameplay, el audio es la salida de mis altavoces
Gracias aopen828, ya he comprobado que el disco no está lleno y he intentado abrir nuevos proyectos y de todo.
Mi solución fue... abrir el vídeo con un programa que me reconocía el audio, exportar el audio por separado y quitarle el sonido al vídeo en el AE.