para demultiplexarlos, yo utilizo el matroska el programa es mkvtoolnix es facil de usar, solo tienes q selecionar loq deseas extraer video, audios y subtitulos, luego lo convierto con el tmpgenc y listo, ya tengo un vcd con el audio q quiero y subtitulo incluido

no se si entendi bien, pero si lo q quieres es garbarlo con en nero en formato vcd, tienes q seleccionar en
Type MPEG-1 Video-CD( non- standar) con eso el nero lo reconoce sin problemas