Lo de que no te reconosca el QT me extraña, lo de que no te salgan formatos de video a la hora de exportar no tanto, en CC2015 para exportar a diferentes formatos de video tienes que hacerlo con el Media Encoder, los de Adobe si mal no recuerdo desde la versión CC que estan limitando el poder exportar directamente desde AE, en las primeras versiones de CC se podía modificar AE para que diera las opciones de exportación pero posteriormente no es posible, actualmente en Windows solo te da la opción de AVI o desde QT si lo tienes instalado, todos los demas desde Media Encoder y por ello agregaron la opción de exportar desde Media Encoder desde AE.
Saludos.
Saludos.