Pues igual que las escenas de una pelicula.

Pues acorta la duración de la capa que contiene el texto con los tiradores del timeline.

Necesitas un programa de autoría con el generar los VOB, IFO y BUP que te pide el Nero para grabarlo.
Hay muchos, prueba con TMPG DVDAuthor para empezar.

Yo uso Scenarist, pero Maestro es muy parecido y creo que se puede hacer igual.
Hago el video que hará de menú, con una intro y luego los videos pequeños de las escenas, por ejemplo. Para que el loop lo haga a un punto concreto del video (pasada la intro) en lugar de volver a empezar desde el principio, marco una escena en ese punto. Luego hago que el loop vaya a esa escena en lugar de al inicion del video.

Te entendí mal. Mira a ver si puedes exportar el proyecto a avi (por ejemplo aviDV) y comprime al formato VCD o SVCD con el TMPGEnc.

Que yo sepa ningun reproductor de DVD tiene instalado el Acrobat Reader. Entonces ¿para qué quieres enlazar un botón con un archivo PDF?.
Y que me corrijan si me equivoco, ningun programa de autoría te permitirá eso que quieres. Los archivos pdf no están contemplados en las especificaciones de DVD  .

Dada la integración entre Premiere y AE, se puede abrir el proyecto de Premiere en AE, modificar lo que queramos y los cambios se guardan en el proyecto, sin tener que exportar, modificar y volver a exportar.

Siempre se puede comprimir más  , pero yo antes de eso intentaría rebajar megas cortando los creditos finales o las cabeceras del inicio. Puedes hacerlo con las MPEGTools del TMPGEnc.

Seguramente lo que te pasa es que esos dos clips son continuación uno de otro (los habrás creado cortando un clip con la herramienta Razor. Premiere usa para la transición los fotogramas posteriores al final del primer clip y los anteriores al inicio del segundo clip. En este caso esos fotogramas son los mismos en uno y otro lado de la transición por lo que no notas nada. Para que sean distintos adelanta el final del primer clip o retrasa el principio del segundo (o ambas cosas) y entonces notarás la transicion.

El más potente programa de postproducción es el Combustion. Con el también podrás hacer todas esas cosas, aunque es menos parecido al Photoshop.
Pero ten en cuenta que al tratarse de video, los "retoques" que quieras hacer equivalen al trabajo de retocar en Photoshop 25 imágenes por segundo, y aunque algunas tareas se pueden automatizar (por ejemplo con un tracker), al final sigue siendo un trabajo de chinos.

El programa que más se parece en cuanto a herramientas y funcionamiento al Photoshop es el After Effects, pero no tiene la herramienta tampon  .
Al tratarse de video, hay herramientas del Photoshop que no tienen sentido o que serían inviables, como es el caso del tampon.

Para eso necesitas de hardware especial, una capturadora con salidas analógicas o gien una tarjeta gráfica con salida de tv para conectarla al video.

Yo me quedo con las ganas, pero "desgraciadamente"   en esas fechas andaré por ahí cerca, en Pas de la Casa (Andorra).

Para que un mpg sea compatible con un DVD, no solamente tiene que tener una resolución compatible (en este caso mpg1 a 352x288 lo es) si no que además no debe superar un máximo de bitrate (audio+video no debe superar 1850 k/s) y cumplir unos criterios de tamaño máximo de GOP.
Probablemente tus CVCDs incumplan alguno de estos criterios y por ello no te los acepte el programa de autoría.
Si aún así quieres seguir adelante, prueba a convertirlo a algun formato compatible con el TMPGEnc.