Yo hago eso. Antes de empezar a grabar, dejo la cámara grabando desde el principio hasta el final con la tapa puesta para que el código de tiempo sea único, de principio a fin. Después rebobino y grabo normalmente sin miedo a que si queda un trozo sin grabar se rompa el timecode.
Pero eso solo es util si se hace antes de grabar, una vez grabada la cinta con roturas, ya no tiene arreglo, aunque grabes en los trozos vacíos, el codigo no se unifica.
Siempre puedes desactivar la casilla Scene Detection y establecer a mano los puntos de entrada y salida de cada clip.

El código de tiempo se rompe cuando se dejan trozos de cinta sin grabar, de manera que el tiempo vuelve a comenzar desde 0 a partir de ese trozo.
Comprueba también que tengas configurada la fecha y la hora en la cámara de video.

Premiere usa el codigo de tiempo grabado en la cinta miniDV para hacer las capturas. Asegurate de que esas cintas tienen íntegro dicho código.

El formato mov tiene una muy buena relación calidad/tamaño. Yo lo he usado desde After Effects. A la hora de exportar a mov desde AE te da a elegir varias opciones, de las cuales las que mejores resultados me han dado son la H 263 y H 261.
No se si serán las mismas opciones que desde final cut, pero haz la prueba.

No tou, ninguno de los sospechosos me ha dado la formula crecepelo, ha sido el resultado (algo fallido he de decir) del famoso plug-in molinillil, que produce efectos "extraños", crecimiento exagerado del pelo en algunas zonas y caida en las otras...

Para evitar los saltos puedes hacerlo con la camara de fotos en lugar de la de video, y acortando el tiempo entre imagen e imagen.
Puedes hacer una foto cada 15 o 20 segundos, de manera que todo se verá más fluido.

Usa un frameserver.
Aquí te puedes descargar uno, el Debugmode Frameser.

Si Premiere no quiere comprimírtelo a mpg, exporta a avi y comprímelo con otro compresor (TMPGEnc, Procoder, CCE...).

Si quieres un efecto más logrado, puedes recurrir a After Effects.
Creas una composición con dos capas, la inferior con tu video y la superior una capa de ajuste (Adjustment Layer) donde aplicas un Fractal Noise, reduciendo la opacidad. Puedes hacer que los jirones de nubes cambien a lo largo del tiempo creando keyframes en Evolution y variando sus valores.

Te puedes hacer una imagen en Photoshop con la neblina (Render - Clouds) e importarla en Premiere y colocarla sobre el video. Luego puedes jugar con la opacidad, aplicando un efecto Alpha Adjust.

Probablemente, influya más en la compatibilidad con los lectores el programa usado para la autoría que el usado para la grabación.

Los archivos .iso son archivos de imagen. Primero hay que ver que contiene dicha imagen.
Puedes usar las Daemon Tools para montar la imagen en una unidad virtual y ver que tipo de archivos contiene.

En videohelp.com, en el apartado de Reproductores, se puede consultar cualquier modelo y marca y leer los comentarios realizados por usuarios de dichos modelos y que en muchos casos hacen referencia a la compatibilidad o los problemas con determinadas marcas de consumible.
Aquí os dejo el enlace.

Explica un poco mejor cómo es el efecto que quieres.

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