Williamcito, no sé si para versiones anteriores funciona igual pero para los programas de CS4 lo que tenés que hacer es cambiar la ruta donde quieres que se guarden esos archivos, el asunto esta en que eso es algo que no puedes hacer desde el encore (al menos no que yo sepa) ya que la opción ahí no aparece. El cambio debes hacerlo desde otra de las aplicaciones de Adobe que haga uso de esas carpetas, por ejemplo el Premiere Pro, simplemente abre el programa, crea un proyecto X con una secuencia X para que el programa cargue completamente y luego entra a Edición-Preferencias-Medios. Ahí se abrirá una ventana donde podrás cambiar las rutas donde quieras que se guarden los archivos que normalmente se ubican en la carpeta de Media Cache Files, y también los archivos que se guardan en la carpeta de Media Cache, el cambio en el Premiere Pro se "sincronizará" con las otras aplicaciones, afectando al Encore y al After Effects entre otros.

Cambia la ruta a la carpeta que desees y a una unidad con más espacio y podrás trabajar con más comodidad, eso sí recuerda limpiar las carpetas una vez que deseches un proyecto para que los archivos no se mantengan comiendo espacio de disco duro