conecto el pendrive al puerto usb de la tarjeta madre (parte trasera de la computadora) y funciona perfecto pero cuando conecto el disco duro externo 2.5 no funciona o sea no lo reconoce, en cambio conectanto este disco duro al puerto usb frontal  que trae el case y  funciona que puede estar pasando?

Pues tiene pinta de que el que no te funciona es USB 1.1 y el que si que te funciona es USB 2.0.

A mí me pasa (bueno pasó) algo parecido. El HD externo requiere alta velocidad de trasferencia. Al principio lo conecté a los USB frontales y me daba fallos continuos simplemente con una copia o trasferencia de ficheros. Sólo podia p.e. copiar de 1 en 1 y no siempre bien. Cuando por ir probando los conecté a los de atrás en placa, todo me ha ido como la seda.

Al revés que a ti, pero creo que es lo mismo. 

A mi me pasa algo parecido pero cuando conecto algun aparato por USB por primera vez en mi PC que esta en red. Reconoce que he conectado algo, me dice que esta listo para usarse pero no veo la letra en el explorador. La solucion es raton derecho en el icono de "Mi Pc", administrar, y buscar el "disco duro" recien instalado. aparecera sin letra, le dices que kla quieres cambiar, le pones una que no se utilize y ya esta. El motivo es porque al estar en red y tener una unidad de red a la que te conectas al encender y ser fija no permite asignar nueva letra asi que se la ponemos nosotros y ya esta.

hay alguna manera de saber si tengo instalado el usb 1.1 y 2.0 voy al panel de control /sistema /control de dispositivos pero no encuentro nada.

Buenos días:  para saber si tienes los controladores de los puertos USB vas a PANEL DE CONTROL -> sistema -> pestaña de hardware -> administrador de dispositivos -> controladoras de bus serie universal y ahi debes de tener listados: controlador raiz USB varias veces y controlador de bus mejorado tambien varias veces.
Ojala te sirva.  Saudos.