... es decir, que pueda recomprimir cualquier códec y contenedor al que se desee?

Y gratuito, no?, jejejjeje, no pidamos peras al olmo... Hay programas, pero como que uno lo haga todo.... de los más completos es el MpegStreamClip y encima si que es gratis...

Y a propósito djwild, ¿cuál piensas que es mejor, el MpegStreamClip o el XMediaRecode?

El mpeg stream clip permite codecs profesionales, pero se pueden usar los dos porque se complementan, quizá lo que no haga uno, lo haga el otro.