Lo que debes hacer en un futuro proyecto (a menos que desees eliminar el corrector de color de todos los clips y reintegrarlo como indico a continuacion), es añadir el corrector de color directamente en la ventana de 'Project Media' (en donde contienes tus videos, imagenes etc).

Asegurate de tener el tipo de vista en 'Detailed'. Despues, solo es cuestion de seleccionar el clip al que deseas aplicar el efecto, hacer click derecho y seleccionar 'Media FX'. De esta forma en la columna de MediaFX aparecera el numero de efectos que has aplicado para cada clip... y no aparecera el numero de efectos aplicados en la linea de tiempo.

Es obvio que la mejor forma de hacer esto es haciendo subclips y dandoles nombre, para hacer correccion de color individuales.