Buenas, releiendo los manuales me encontre con esto:

¡CUIDADO! Algunos programas como DVDMaestro NO avisan si le damos vídeo con encabezado GOP sólo al comienzo (DVDit! sí que avisa). Si, una vez compilado nuestro DVD lo reproducimos desde el disco duro con Power DVD o cualquier otro, aparentemente todo es correcto y funciona, pero luego nos llevaremos la desagradable sorpresa de ver que el lector de DVD de salón o no lee el vídeo o sólo es capaz de reproducirlo de principo a fin sin poder acceder a puntos concretos.

Que se tiene que vigilar exactamente?

Se tiene que vigilar exactamente lo que pone algo más abajo en el mismo manual:
https://videoedicion.org/manuales/dvd/dvd.htm
Si el vídeo viene de un ripeo de DVD, lo traerá por defecto. Si lo has comprimido tú, es cuando debes vigilar ese punto.

Ok, pero yo esto del gop y la madr... vamos que no lo pillo.
Yo comprimo a mpeg-2 desde el MPEG Encoder, que viene en el premiere 6.5. Y cojo las opciones por defecto de DVD:
Iframes: 12  -  P frames: 3  - Closed GOP every:1
Example: BBIBBPBBPBBP ...
Esto seria encabezado GOP solo al principio?

Mis DVD, como hace tiempo que veis, tienen problemas en demasiados reproductores y intento buscar el fallo.
Gracias y salud!