Muy buenas, hay que instalar algun plugins para que al Exportar proyecto puedas seleccionar la opcion de MKV como trabajo final???

-a ciencia cierta no se si premiere de soporte al contenedor matroska, pero seguro no.

-asi que directamente no puedes hacerlo.

-exportar como mp4 con audio aac o ac3 y pasarlo de contenedor con mmg del mkvtolnix te sera muy sencillo de hacer. (demux-mux)

saludos.