he mirado todos los pasos que hay que seguir en el manual pero ponga lo que ponga en settings y ponga el video que ponga, el resultado siempre es el mismo: una copia idéntica del video original en la carpeta de destino.  Y ya he probado dos versiones de Tmpgenc. ¿Alguien me puede ayudar con esto por favor?

A mí me pasó algo parecido, pero no tan radicál como a tí, pues con una segunda version del programa, se acabaron los problemas una version diferente.
Yo utilizaba un tmpgenc en español, y cuando empecé a utilizar el setting para hacer cvcd y comprimir mas mis vcd, me dí cuenta de que todos lo mpg resultantes ocupaban los mismo, cambiara lo que cambiara y cuando intentaba hacer un svcd me pasaba igual, me creaba solo formatos standard, incluso introduciondo templates ya configurados y todo  
Suerte, yo probaría otras versiones a ver como te van.

La versión 2.59 daba problemas ya que al multiplexar, aunque el vídeo fuera cvcd, lo hacía como VCD y modificaba el tamaño para adaptarlo al formato estándar.

Bueno, por lo que veo no hay solución, la única solución es ir probando versiones  :-(