Saludos al foro, eso en primer lugar.
 Yo al igual que todos, estamos todos los dias intentando superarnos, en mi caso, primero fue el divx, pasando por la captura y ediccion de video vhs y s8 a vcd standard (en donde estoy todavia muy activo aciendo trabajitos), despues el tan conocido por todos el cvcd.

Ahora estoy muy interesado en crear vcd o cvcd con sonido ac3, los programas con los que trabajo son: DVD DECRYTER, DVD2AVI, TMPGENC y BBMPEG, todos sabemos para que son y como trabajar con ellos, el problama es para el audio en ac3, ya se que programa utilizar, el HEADAC3HE, como es logico, pero la cuestion es la siguiente:
 

Salu2 para todos XAVI desde PO

Sólo el formato SVCD, y el CVD, admiten audio en AC3 aunque como trabajo esos dos formatos habitualmente no sabría decirte cómo.

En cuanto a HeadAC3he decirte que *NO* te va a hacer archivos de audio Dolby Digital con separación de 6 canales, sino archivos Dolby Prologic que consiguen sonido Surround (por todos los altavoces) haciendo también una separación delante/atrás izquierda derecha que, sin llegar a ser Dolby Digital es mucho más satisfactoria que un archivo estéreo normal.

HeadAC3 te puede comprimir cualquier archivo de audio por separado, luego sólo tendrás que multiplexar ese audion con el vídeo. Puedes usar TMGPEnc (File -> MPEG Tools -> Simple Multiplex) o bbMPEG