Hola gente de videoedicion.org!!!
He intentado encontrar algo sobre el tema que os voy a comentar pero no he encontrado nada  

Pues revisa la configuración , algo tiene que haber que ponga crear un único archivo , unir todos los vídeos , etc...

Supongo que te refieres al ProCoder. En el apartado Source hay una casilla que pone Stitch. Para separar las secuencias la desmarcas y para unirlas en un solo archivo la señalas. Adjunto una imagen con la casilla bajo el cuadro sombreado en rojo.

Muchas gracias tankshire !!!