Dado que lo único que se pasan son unos y ceros, ¿hay alguna diferencia, además de la velocidad, entre capturar con un cable Firewire o con un USB a la hora de conseguir más calidad?

En realidad ¿velocidad?, si el video es de 20 minutos la captura tardara 20 minutos con cualquiera de los 2.
Si es mas recomendable Firewire para captura de DV ya que pose mas ancho de banda y hay menos probabilidades de pérdida de datos.