Buenas tardes. En los ajustes de hardware de audio he estado cambiando unas opciones ya que he configurado unos altavoces nuevos y mirando hacia abajo en las opciones vi algunas opciones que no se que significan.

La primera de ellas es el reloj maestro que, tal y como se muestra en la imagen me da dos opciones el dispositivo de entrada predeterminado y el dispositivo de salida predeterminado. Como predeterminado está el dispositivo de salida pero ¿en que influye cambiar esto?

También más abajo sale otra opción que pone asignación de salida y solo me deja seleccionar el que ya está seleccionado pero más abajo hay como unos cuadraditos que puedo mover hacia arriba y hacia abajo (marcados en la imagen) y no se en que influye en el audio al mover estos.

El Reloj Maestro es el que proporciona la información para sincronizar y transmitir fielmente la señal digital y su posterior reconstrucción analógica.
Premiere te da a elegir entre sincronizar con la fuente de entrada o con la de salida.

Te conviene mirar la ayuda del programa.
https://helpx.adobe.com/es/premiere-pro/using/preferences.html#audio_hardware_preferences

Saludos.