Sí puedes, con After Effects mejor, porque supongo que esos hilos se moverán constantemente (supongo que estarás animando maquetas o marionetas). Pregunta en el foro de edición avanzada, para que algún usuario de Combustion te aconseje como hacerlo (me temo que igual tienes que ir borrando frame a frame o con algún tipo de máscara animada).

ánimo, que tienes curro para rato!