Algo asi pero mi pregunta es que cuando hago un dvd (por separado audio y video)
al abrirlo tengo laas dos carpetas ts pero en la de audio nunca hay nada Por que?

El audio estara en los vob de video_ts, la carpeta de audio_ts se creará tanto si usas vídeo y audio por separado o junto. Es una necesidad por compatibilidad con los primeros dvd, no contiene nada, pero es necesario que existe dicha carpeta en el dvd.
Saludos.