Pues eso, quiero meter una transicion de audio y solo se pone un fader en un clip, y no en los dos, es decir arrastro la transicion entre las dos pistas de audio y en ves de que se ponga en medio de las dos, se pone a un lado y no crea la transicion

Eso me pasaba alguna vez con las transiciones de vídeo y la solución la encontraba moviendola en la ventana de efectos y no en el timeline. Prueba haber si te pasa igual.

Vete a Effect Control con la transicion seleccionada y en alineacion escoges Center Cut. Si no te deja, o aparece sombreado, debes de acortar el clip (por el principio o por el final) porque no tienes suficiente material para solapar. Taluego.Falele.