¿Hay alguna diferencia cuando la extensión es minúscula o mayúscula?  ¿a que se debe esa diferencia?

Por ejemplo, nos encontramos *.mov y *.MOV, *.jpg y *.JPG, etc.

No tiene ninguna diferencia.
Esto de las extensiones se heredaron de los primeros sistemas (DOS).
los nombres de archivo en sistemas DOS son insensibles a las mayúsculas y minúsculas, por lo que la mayoría de las extensiones de archivo pueden ser escritos indiferentemente en minúsculas como en mayúsculas o una combinación de ambas.

Gracias Pedro, nunca me habia preocupado el tema, pero resumiendo seria algo asi, yo como creador del programa A, lo diseño para que las extensiones de mis archivos sean en  mayúsculas, y
y otro creador del programa B, idem pero en minúsculas.

finalmente lo que importa es la combinacional de solo 3 caracteres.