He repasado los audios y no hay vacías ni audios intercambiados de pista.Al parecer está correcto en ese aspecto.Empiezo a pensar que pueda tener que ver,quizá, con la estructura de los menús que he creado.Voy a hacer pruebas con algun menú más sencillo a ver si así saco algo en claro.Por probar... Ya os contaré cómo va.
 Algo se me está escapando y aún no caigo :confundido: y temo que pueda ser un descuido tonto
Saludos.

Menú sencillo suponiendo 2 videos con 2 audios cada uno:

1 sólo menú con dos botones que apuntan a cada clip de video, en audio "no change". Doble clic al primer clip y añade el segundo audio (o los dos si tienes video y audios por separado). Lo mismo en el segundo clip.

Al único menú que tenemos añade un botón de los que no tienen frame (una flecha para el ejemplo bastará). En éste, en su característica "action", "destination", que apunte al único menú (si nos has cambiado el nombre será menu 1), y en "set audio track" marca el audio 1.
Copia este mismo botón y cámbiale el "set audio track" al audio 2.

Prueba si funciona y a partir de aquí cualquier combinación es buena.