Dentro de la carpeta donde guardas las capturas hay, para cada vídeo, dos archivos con igual nombre pero diferente extensión. Uno es un avi (el propio vídeo) y otro es el que define los cortes (y que no recuerdo la extensión). Borra este archivo y haz que Studio detecte de nuevo las escenas. Esto se hace abriendo en Studio de nuevo el vídeo avi. No lo hagas si lo estás usando en un proyecto o puede que luego no tenga la referencia correcta. Acaba primero ese proyecto o deséchalo si te está dando muchos problemas y no lo quieres.