Hola... a mi tambien me paso algo parecido, tenia una secuencia de fotos jpg de un par de minutos y una hora de video Avi y tambien me tardaba al rededor de 15 horas renderizando, el asunto fue debido a que tenia la secuencia de fotos con efecto de Shadow2D y el video en la misma pista, cuando activas el shadow2d yo el glow a nuvel de pista para darle efecto a las fotos el renderizado de esta pista se vuelve muy lento.

Te recomiendo que tu video lo muevas a una pista sin estos efectos.