Tras unos días de ausencia, aquí estoy de vuelta para contaros las pruebas realizadas.
El proyecto realizado en Premiere CS4 lo he compilado con todas las variables posibles que me permite la configuración de salida y no he conseguido ver ninguno en el Ipad.
Cansado de calentarme la cabeza con el Premiere, he tomado la solución más práctica y eficaz que le recomiendo a los que tengan este problema:
Cargar el programa "AVPlayerHD" en el Ipad, que lo reproduce casi todo, y se acabaron las incompatibilidades. Además, reproduce con una calidad extraordinaria.
Es curioso que he realizado casi un centenar de pruebas con diferentes codecs, formatos, sistemas, etc, y el Windows Media Player los ha reproducido todos sin rechistar. No entiendo por qué los señores de Apple se empeñan en ser tan "estrechos". Al final con sólo 2,5 € que vale el programa AVPlayerHD en el AppStore se soluciona la estrechez. Por el precio que vale el Ipad3 ya podría traer de serie un reproductor más universal.
Gracias a todos

Gracias Juanmario y Fistros.
Llevo unos días muy liado y no puedo pararme a hacer pruebas. En cuanto tenga unas horas libres me pondré con ello y os contaré los resultados.
Gracias de nuevo

He realizado más de diez compilaciones diferentes del proyecto cambiando las posibles combinaciones del sistema PAL y NTSC con los formatos MPG, MP4 y AVI, sin que consiga ver ninguno de ellos.
Te pongo tres ejemplos detallados:

Para el caso del MPG el codec utilizado es el "MPEG-1/2 Video (mpgv)",  Resolución: 1440x1080,  Tasa de fotogramas:50,  Formato decodificado: Planar 4:2:0 YUV. El sonido usa el codec MPEG Audio layer 1/2/3 (mpga), Tasa de muestreo 48000 Hz,  Tasa de bits 384 Kb/s

Para el caso del MP4 el codec utilizado es el "H264-MPEG4 AVC (part 10)(avc1)",  Resolución: 1440x1080,  Tasa de fotogramas: 25,  Formato decodificado: Planar 4:2:0.  El sonido usa el codec "MPEG AAC Audio (mp4a)",  Tasa muestreo: 48000 Hz.

Para el caso del AVI el codec utilizado es el "DV Video (dvsd)",  Resolución: 720x480,  Tasa de fotogramas: 25,  Formato decodificado: planar 4:1:1 YUV.   El sonido usa el codec "PCM S16 LE (araw)",  tasa muestreo: 48000,  Bits por muestra: 16

Espero que con estos datos seas capaz de averiguar donde está el problema porque ya no sé qué hacer.
Muchas gracias.

Bueno, ya te digo que el Itunes no lo carga en la sincronización porque dice que es incompatible.
He probado "meterle" el archivo a la "fuerza" con copiar/pegar y consigo meterlo, pero no lo lee.
Se ve que el Ipad es bastante "estrecho" para los formatos y esto lo limita bastante.

He realizado compilaciones del proyecto en mpg, en mp4, y en Avi; tanto en 25 como en 30 fps y no me lo acepta el Ipad de ningún modo. No entiendo qué narices necesita el Ipad. Estos mismos archivos se ven sin ninguna pega en cualquier visor de video y además en alta definición. ¿Alguna solución?

Por lo que expones, parece que podría ser un problema de frames más que de codex porque veo que en todos los casos son 30 fps y no 25 fps, que es el sistema de mi reportaje.
Seguiré haciendo pruebas y ya os contaré.

Estimados foreros,
No consigo ver en mi Ipad3 un video editado con el Premiere CS4. Lo he probado en formato mpg y en mp4 (codex H.264) y no hay forma de verlo porque al hacer la sincronización dice Itunes que ese formato no lo puede leer el Ipad.
¿Alguien sabe qué formato concreto del CS4 entiende el Ipad?
Gracias.

He probado con el efecto "Circunvolución" y no da el resultado que busco. Además es complejo de controlar y afecta a todo un clip completo. Lo que necesito es una transición para que el final de un clip se funda con el inicio del siguiente con ese efecto de movimiento de agua.
Gracias por tu apunte

Estimados foreros,
Quisiera hacer una transición en la que los clips se funden con un movimiento de agua. Este efecto es muy utilizado cuando se simula en una película el paso de un sueño a la realidad, o del pasado al presente. Seguro que ya sabéis a qué me refiero.
He buscado entre las transiciones del CS4 y no encuentro esa opción. Me gustaría saber si esto existe en el programa de serie o es un plugin que hay que adquirir aparte.

Estimados foreros,
Es conocido que cuando compilamos un proyecto configurado en MPEG2 se generan dos archivos, uno MPG y otro XMP. Este último tiene poca utilidad y yo normalmente lo borro.
Pero ¿podría aligerar en algo el trabajo de compilación, aunque fuese solo un 5%, si el Encoder no tuviese que generar este archivo?, En caso afirmativo, ¿donde se configura esto para que el Encoder no genere este archivo?. No encuentro esto dentro del Encoder.
Gracias anticipadas. 

[mod]MODIFICADO EL ASUNTO. Las frases generales y escuetas no describen lo planteado en el mensaje.[/mod]

Eso de formatear el disco me trastorna bastante porque son muchos los programas que tengo trabajando perfectamente y configurados a mis necesidades. El pensar en tener que reinstalarlo todo me pone los pelos de punta. Además, es Premiere el único programa que se cuelga de vez en cuando. Tengo otros programas como el AutoCAD 2013 o el 3D Studio que no se cuelgan jamás trabajando en 3D.
Probaré reinstalar el programa, y si se sigue colgando esperaré unos meses a cambiar por completo de máquina. 

Respondo a tus cuestiones:
- El disco SATA es de 7200 rpm y los otros dos IDE lo desconozco, pero supongo que serán algo más lentos.
- Utilizo el CS4 porque mi Windows 7 es de 32 bits, y desde el CS5 en adelante todos funcionan exclusivamente a 64 bits. El paso a Windows 8 de 64 bits lo tengo previsto para el año próximo.
- Mi tarjeta gráfica es SVGA GEFORCE ENGT430, 1Gb, ASUS DDR3, HDMI.
Gracias

Estoy intentando optimizar el rendimiento de mi equipo funcionando con el Premiere CS4 porque se suele colgar de vez en cuando al renderizar los clips, y especialmente cuando exporto la película.
Mi equipo consta de:
Micro AMD de doble núcleo y 3 Ghz.
Memoria RAM 3Gb
Sistema operativo: Windows 7 a 32 Bits
1 Disco duro SATA de 1Tb donde tengo el sistema operativo y los programas.
2 discos duros IDE de 160 Gb
Cuando observo el "Rendimiento" del equipo en el "Administrador de tareas de Windows", veo que la memoria RAM va sobrada porque nunca utiliza más de 2.2 Gb, pero el micro trabaja casi todo el tiempo al 100%, y esto es por lo que intento dinamizar las tareas.
Mi pregunta concreta es:  ¿Sobre qué unidades de las tres que tengo debería asignar las carpetas que genera el programa para que el flujo de trabajo sea óptimo?. Me refiero a las carpetas:  Caché de medios, Auto-Save, Preview Files, Encoded Files, Video Capture, etc...
Esto no lo he visto muy claro en el manual del programa donde habla de la "Configuración de los discos de memoria virtual".
Gracias anticipadas.

Bueno, encontré una solución barata y la comento por si le sirve a alguien:
Tras múltiples pruebas comprobé que utilizando un micrófono mono normal y ajustando en la tarjeta Realtek el volumen al 90% y la potencia a +20 dB conseguía un volumen casi aceptable, pero en un solo canal. Es curioso que utilizando un micro estéreo conseguía mucho menos volumen. El archivo wma generado es estéreo aunque solo tenga sonido en una pista.
Luego importo este archivo en Premiere y lo descompongo en sus dos canales haciendo:
                 Clip / Opciones de audio / Salida mono /    ... y se generan dos clips monoaurales
Finalmente meto el canal bueno en la línea de tiempo sobre una banda mono y ... ¡fantástico!. El sonido sale con un volumen normal y todavía admite amplificación sin ruidos.
De todos modos me he descargado el "Audacity" para probarlo.
Muchas gracias a todos.

Mi tarjeta de sonido es la integrada en la placa base,  ASUS M2N68-AM Plus n630a.
Todos los micros que he probado los he conectado a la única entrada de sonido que tiene la tarjeta.
He ajustado ambos cursores de volumen del micro al 90 % y subido la potencia del micro hasta +30 db, que es el máximo.
No sé si se me escapa algún detalle, pero creo que he probado todo lo posible y el volumen del archivo wma sigue siendo muy bajo.
Tengo también una webcam con micrófono incorporado, pero su conector usb no entra en la placa de sonido y no se me ocurre la forma de utilizarlo para probar.
Bueno, si véis algo que me quede por probar os lo agradeceré en el alma.
Tomo nota del programa "Audacity" para irlo estudiando.
Gracias a los dos.