Hola Jorge. Tu problema es similar al mio. También trabajo con adobe CS3 y JVC GYHD100 a disco duro
DRHD100 por lo que los problemas no llegan en el momento de la captura sino al importar los brutos de vídeo previamente transferidos al HD local del PC. A pesar de clavar, a mi entender, las características del proyecto con las de mis brutos, el Premiere me pide render de todo el material, en un primer momento se lo achaque a que mis brutos eran mpg2 720p a 50P mientras que el CS3 sólo tepermite trabajar en HDV 720p hasta 25P. Mi sorpresa llega cuando, al importar un footage HDV 720p 25P,  me sigue pidiendo render cuando, supuestamente brutos y proyecto tienen idénticos parámetros.

A esto hemos de sumarle los numerosos errores de flujo que detecta el Premiere un muchos de los brutos, algunos frames corrptos que rellena en rojo y, por si fuera poco, desincronizaciones de audio a partir de un determinado fotograma del video. Problemas que debo achacar a la unidad de disco duro (
DRHD100).

En consecuencia, te diré que no tengo la respuesta concreta a tu problema al no haber llegado a traerme el material transferido directamente de la cámara por firewire pero tengo la sospecha de que, bien el Premiere o bien JVC no han cumplido a rajatabla las especificaciones del estandar HDV720p