Existe un programa:
Imagineer Systems Mokey
Es bastante pesado y dificil de usar, pero es para sacar logos y esas cosas. Si podes conseguirlo probalo.

Al tiempo que salio la pelicula vi un documental de como hicieron esos efectos, quizá buscando por youtube o emule puedas encontrar algo.

Tengo que feliciarte, muy buen trabajo. Ahora me queda una duda. ¿Donde van los botones en ese menu?

Pasate por esta pagina.
http://www.jahshaka.org/
Es gratuito GPL quizá te sirva, con probar no se pierde nada, yo habia probado una de las primeras versiones y pintaba lindo.

Hay un programa dando vueltas que se llama "logo remover" o algo asi que lo que hace es sacar los logos y regenerar los pixels que estaban abajo tomando en cuenta los pixels adyacentes. Fijate si lo encontras despues de pasarlo por ese programa te quedaria el video sin los logos y podrias titularlo con lo que quieras.

Hola. A mi me solucionó varios problemas el instalar los codecs ffdshow pero si por ahi me llega algo que no puedo abrir siempre está la solucion de recurrir a canopus procoder y hacer un micro$oft avi.

con premiere no creo que se pueda hacer, tendrias que hacer una animacion con canal alpha para que se vaya haciendo transparente lo que vas pintando.
Yo hice algo con after effect por si te sirve la data.