Citarcon respecto a las líneas horizontales, aparecen tanto en la pantalla de la computadora como en la tvMira en gspot el orden de campos y mantenlo. Otra cosa que quizá podría ocurrirte es que pasaras de los 29,97 fps (NTSC) a 25 fps (PAL).
En cuanto a la oscuridad en formato mpeg-2, sólo podrás corregirla con filtros. Aunque creo que es un error pasarla a ese formato cuando puedes reproducir directamente los divX/Xvid.
Sólo te tendría sentido si quieres añadir autoría o asegurarte su reproducción en otros reproductores que no sean compatibles divX.
Como te he indicado en la anterior contestación, si utilizas virtualdub no existirá recompresión si sólo quieres "cortar", manteniendo el original exacto (sin el corte por supuesto)