La multiplexación es la unión del video y el audio, la de-multiplexación lo contrario. Es lo que deberías hacer mediante programas como TmpegEncoder, separar el audio y el video en archivos independientes, volviéndolos a unir con el mismo programa.

Saber qué códec necesitas es sencillo con la herramienta gspot, este programa te informa del códec utilizado y si lo tienes instalado en tu sistema.

Te sirve el propio vegas con un script que inserte transiciones automáticamente?.
Creo que nero también es capaz de hacerlo (Crear pase de diapositivas de fotos).

Bien, has editado el primero, guarda el proyecto vegas. Haz lo mismo con el 2º y 3º (puedes hacerlo en el mismo proyecto inicial, continuando la línea de tiempo y definiendo "regiones" para cada minidvd por si en tiempo de autoría lo necesitas), sobre todo y como te aconseja Startel, si realizas cortes eliminando partes que al visionar con la cabeza fria, decides que resultan poco interesantes.

Debes preguntarte:
1) Me va a caber en un sólo dvd?
2) Obtendré una calidad aceptable?
3) puedo averiguarlo de antemano?
4) Cómo quiero montar el dvd?

1) Generalmente sí. Ajustando el bitrate al renderizar a mpeg-2 el proyecto editado con vegas.
2) Dependerá de 1), del bitrate (y obviamente de la calidad del original). A mayor bitrate, mayor calidad, mayor tamaño de fichero, menor duración en tiempo total que podemos grabar sobre un mismo dvd.
3) Sí, por supuesto (Calculadoras del bitrate). Pero debes saber la duración total que pretendes grabar sobre el dvd y en consecuencia debes tener preparados los 3 minidvd que en un principio quieres grabar en un único dvd.
4) Qué menú espero montar. Capítulos?, después de cada "capítulo" debe volver al menú?, ......

Sé que parece teórico, pero puedes ahorrar un montón de tiempo en función de lo que pretendes y para llegar al mismo resultado hay varios caminos, todos ellos correctos.

Si no, puede aparecer la eterna paradoja: Llevo dos dias editando, cortando, esperando que se renderice y ahora no cabe, no se ve como esperaba, ........ y las soluciones serán un paso atrás y tu posible pensamiento "Y no me lo podríais indicar antes"?   , de buen rollo claro!

Aunque en concreto para que aparezcan botones hay un sistema mas simple:

Carga (crea) el menú y los botones. Al menú estableces un punto de loop (Para el ejemplo supongamos que establecemos una duración del menú de 10 sg y el punto de loop a los 5 sg). En las propiedades de los botones, en transformations, cambias el "show before loop point" en yes.

Sólo te resta crear keyframes en los botones. Clic dcho ratón sobre uno de ellos. Selecciona crop and adjust.... Y ahora fíjate que aparecen unas características y debajo un timeline con la posibilidad de crear keyframes. Mueves el cursor del timeline al inicio y seleccionas el alfa en 0. Lo mismo para cada una de las características del botón (media, mediamask y frame). Desplazas el cursor a 5 sg, y realizas el cambio inverso, pasando el alfa a 1.

El resultado es el que buscabas, los botones no aprecen al inicio de la reproducción del menú, apareciendo hasta los 5 sg de su inicio.

No conozco el gom player, pero has mirado sus opciones de configuración?, quizás de alguna manera fuerzas a que éste varíe parámetros  como el brillo/contraste, modo de color, ......

Has instalado algo recientemente?, filtros para códecs (ffdshow,.....)

Casi me atrevería a decirte que no tendrás ningún problema en grabar ese proyecto (si no recuerdo mal he grabado aún diciendo architect 110%), pero no puedo asegurártelo. Podrías probar generándolo sobre disco duro y grabando con por ejemplo nero sobre un dvd-rw por si acaso.

En el menu file, selecciona "optimize dvd" y después "fit to disc". Architect recalculará el máximo bitrate y recomprimirá.

Para evitar estas situaciones es conveniente usar en tiempo de edición o antes de la compresión a mpeg-2, las calculadoras de bitrate.

Insisto, identifica primero qué códecs usa e instala en el sistema sólo, sólo, sólo los estrictamente necesarios.

El problema con el mpg puede ser simplemente de multiplexación.

El foro está lleno de información al respecto.

Efectivamente, mejor empiezas ahora en el paso 2 ya mencionado.
Desinstala el códecpack y limpia lo mejor posible el registro de windows. No es que sea absolutamente necesario, pero pueden interferir en el funcionamiento de los códecs (incompatibilidades entre ellos, instalar códecs que te son innecesarios, ....).

Instala ahora sólo el códec divX. Funcionará.Si, sí, me he fijado en la captura de gspot y el códec que utiliza es el Xvid y no el divX.

Si sólo quieres reproducir, ningún problema. Instala sólo el divX.

No te sigo neo, o estás dos pasos por delante mio.
El menú estático es una foto, un archivo gráfico convencional creado desde cualquier programa editor gráfico. Los botones también.
El fondo animado puede ser perfectamente un video, es decir, en vez de especificar un fichero gráfico especificas uno multimedia.
El "arte" de lo que pretendes está en que debes tener la composición final prevista al inicio, para disponer los botones excatamente en el mismo punto en la "edición" que en el verdadero menú final.

Otro tema es qué capas, nombres, disposición de ellas, ....... debes componer en p.e. photoshop al estilo de otro conocido programa author como "encore" de adobe para que al ser importado a architect, los reconozca directamente como botones de enlace. En este punto, architect no es tan versátil como la unión entre "photoshop" y "encore", pero sí posible.

Engañando. Debes prepararlo todo en fase de edición. Crea los menús y guarda fotos de ellos pasándolos a programas de edición fotográfica. Lo mismo los botones y el efecto lo "fabricas" con un programa editor.

Ejemplo:
El menú de inicio lo fabricas y lo cargas en el programa editor, en él creas el efecto que los botones aparecen suavemente, renderizas y ya tienes la "ilusión".

Cargas en architect y apuntas a ese video fabricado de manera que cuando termine aparezca el menú real en idéntica posición y composición. Has "engañado", no se hace con el programa author, sino con el editor. En el author, lo montas.

Lo mismo para las "transiciones" entre menús.

El botón del menú apunta a un video editado que visualiza la transición y acaba con el menú "real". Cuando termina de reproducirse el video (su timeline), da la orden de que aparezca el verdadero menú.

Todo eso que pretendes debes hacerlo en un editor, no en un programa author, éste sólo realiza la arquitectura del dvd, monta menús, los enlaza, ....... y finalmente genera y quema el dvd, el resto es edición.

Lo primero identifica el códec de video con gspot y notifícanos cuál es.
Lo segundo será seguramente desinstalar el codecpack, pero primero lo primero

Identifica primero los códecs que usas con gspot, entonces sabremos cuál puede ser la causa.

Creo que no se puede, debes hacerlo en tiempo de edición con vegas o el editor que uses.

Doble clic sobre la lista de reproducción para "editarla", en la ventana del playlist donde ves el orden de los clips, debes usar algo que solemos olvidar y es que trabajamos (la mayoria), en entorno windows y que su máxima es "copia/pegar/arrastrar". Usa esta última, mantén el botón izqdo. pulsado sobre el clip que quieres mover de posición y suéltalo donde te conviene.