La verdad es que eso es bastante básico, deberías leerte alguno de los tutoriales que hay de iniciación en la sección de documentación.
La pantalla más grande debe ser una capa inferior para que sea el fondo. En una capa superior pones el video de uno de los recuadros pequeños y vas al "pan & crop" de ese clip y lo haces del tamaño y posición que quieras, y otra capa por encima el video de la otra ventana y lo mismo, pen & crop y reduces y posicionas... listo...
La pantalla más grande debe ser una capa inferior para que sea el fondo. En una capa superior pones el video de uno de los recuadros pequeños y vas al "pan & crop" de ese clip y lo haces del tamaño y posición que quieras, y otra capa por encima el video de la otra ventana y lo mismo, pen & crop y reduces y posicionas... listo...