Una de las cosas que no me gustan del cs4 es que el media encoder vuelve a renderear todo el proyecto aunque ya previamente lo hicieras , es posible que cuando llegue a una transición muy compleja como el boris y sus particulas o filtros de video que le has puesto se demore un poco, y mas si se trata de HD aunque creo que 5 horas ya esta un poco raro.
Si ya tienes el trabajo editado ve marcando o divide el area de trabajo en 3 partes por ejemplo y ve exportándola por separado , siempre a la que le sigue le das un poco mas a ambos lados para que si las logras exportar tengas margen de empatarlas de nuevo en otro proyecto , es lo único que se me ocurre, además me imagino que updateaste el adobe..suerte
Si ya tienes el trabajo editado ve marcando o divide el area de trabajo en 3 partes por ejemplo y ve exportándola por separado , siempre a la que le sigue le das un poco mas a ambos lados para que si las logras exportar tengas margen de empatarlas de nuevo en otro proyecto , es lo único que se me ocurre, además me imagino que updateaste el adobe..suerte